分类： 学习

kiwi

安装kiwi时如果收到没有找到libmseed的头文件信息的错误，那就是没有安装libmseed，只支持libmseed2的版本。如果之前安装了libmseed3，那么一定要在lib库里把so文件删除干净，再重新安装libmseed2。

可能会提示找不到hdf5，安装hdf5，同时在makefile文件中，给定INCHDF和LIBHDF的路径，lib的库名也要给定好。运行过程中有可能会找不到hdf5.mod，但可以在系统的lib中找到，拷贝过来，并想办法留在本地。

fftw3的头文件和库位置同样在makefile中给定。如果一直提示找不到fftw3f的库，生成一个软链接。

安装成功后，一定要试运行某个程序，可能会出行找不到某个so库的情况。找到这个库文件的真身，然后复制到系统lib下，一定要复制，软链接不行。

openMP中的动态数组私有化

有一个需求，需要对for循环中创建的动态数组进行操作，记录一下历程：

最开始在函数开头定义了循环变量i和动态数组trace，并紧接着用malloc对trace分配空间，在for循环的前一行用#pragma omp for private(i)能编译成功，但结果错误。分析原因是因为每次循环都共享了trace，导致计算错误；

然后将for前定义改为#pragma omp for private(i,trace)，编译出现段错误；

https://www.coder.work/article/1564167给出了解决问题的正确方法：先用omp定义parallel块，然后动态分配内存，再用omp开启for循环，结束for循环后释放内存，并结束parallel块。如下：

#pragma omp parallel num_threads(40) private(i,trace)
{ // parallel 块是需要大括号的
    trace=(float *)malloc(sizeof(float)*sz);
    # pragma omp for 
    for(i=0;i<len;i++)
    {
        trace=xxxxxxx;
        .......
    }
    free(trace);
}

shell小技巧

1.seq嵌入for循环

for i in $(seq 0 10)
do
xxxxxx
done

2.expr不支持非整型运算

###############
c=echo “13.2-10.1” | bc
echo $c
###############
a=13.2
b=10.1
c=$(echo “$a-$b” | bc)
echo $c

3. bc计算精度

echo “6/9” | bc 的计算结果会是0，可以事先设置精度
echo “scale=3;6/9” | bc就会得到指定精度的结果

4. gawk中调用shell变量

awk -v awk变量名= shell变量名

 #!/bin/bash

var4bash=test

awk -v var4awk=”$var4bash”  ‘BEGIN { print  var4awk}’ 

macOS无法打开X11图形？

在macOS系统中用vpn登陆linux服务器后出现这样的提示：

Warning: untrusted X11 forwarding setup failed: xauth key data not generated

且无法打开程序的图形界面，后来搜到了这样的解决方案：

https://stackoverflow.com/questions/27384725/ssh-x-warning-untrusted-x11-forwarding-setup-failed-xauth-key-data-not-gener

具体操作就是：

1. Edit ~/.ssh/config, add

 XAuthLocation = /opt/X11/bin/xauth  to the host config

2. Ensure xauth is installed on the destination host

3. ssh -X your_server works in a secure manner

bbe-更改二进制数据流

某个程序输出的文本结果中出现了特殊字符^ @，用grep匹配字符串时说是二进制文本，只好想办法去掉。

方法一：在vim下打开文件，可以看出本身就是个正常的文本文件，仅只是多了那几个特殊字符，输入:%s/\x00//g回车后即可删除。本来想照猫画虎用sed来处理，毕竟几百个文件都用vim操作是不现实的，结果发现用sed删除字符不成功，https://unix.stackexchange.com/questions/346291/editing-binary-streams-containing-x00-bytes

这里表示sed只能用来处理text文件。这个网站提供了另一种处理工具：

方法二：bbe，是一种类似于sed的流编辑工具，能处理二进制字符，可以这么操作bb -e ‘s/\x00//g’ output

另，在gawk中输出单引号，可以用\47